В папке примеров в архиве компонента пример "Скачивание файлов.sha".

Проще написать PHP-скрипт, который будет перебирать каталог с файлами обновления и выдавать имя+дату изменения(+куда сохранять у клиента). Обновлятор получает список файлов и даты, сравнивает со своими. Если отличаются - скачивает файл, сохраняет и проставляет дату сохраненного файла согласно полученной с сервера.Можно, конечно и так, если хватает. А лучше сделать собственную программку, которая будет при получении ошибки сохранения файла ждать завершения основной программы и обновлять после закрытия. А можно извернуться - если файл занят, размещать новый файл возле него под другим именем. Программа перед стартом проверяет наличие этого другого файла, если есть - запускает его, а сама закрывается; этот другой файл в свою очередь при запуске копирует себя на место оригинальной программы.