Если на серваке стоит хотя бы Intel Pentium I, я бы не парился и делал первый вариант, тем более файлов, как я понял не много.

Ну а если вы извращенец, то можно и второй вариант и экономичность такого способа зависит напрямую от посещаемости сайта. Если посещаемость 50 человек в минуту, то установка Cron задачи даже раз в 10 секунду уже будет экономнее.

А вообще делается что-то типа так:
1. Заливается файл и сразу заносится в базу данных, типа MySQL;
2. Из базы данных пользователи PHP скриптом получают список файлов и ссылки на них.
И никаких лишних нагрузок