Tad, А, не может ли помочь то, что программа записывает и считывает координаты мыши, только в полноэкранном режиме окна?
Например:
1. Запоминаем ширину и высоту окна самой программы.
2. Записываем необходимые координаты мыши.
3. При считывании, проверяем ширину и высоту окна программы, и если они различаются, от большего отнимаем меньшее.
4. Остаток прибавляем к записанным ранее координатам мыши, это и будет необходимая поправка.

Только сначала наверно нужно будет проверять, большее или меньшее разрешение при котором координаты записывались,в данный момент,
и если большее, то отнимать остаток, а если меньшее прибавлять.

Правильно или нет?