Конкретные примеры, которые может увидеть и сравнить каждый:

Пример 1:
в стилях CSS у св-ва Position по стандарту есть значение fixed, которое позиционирует элемент относительно окна браузера не зависимо от прокрутки страницы. На сайте HiAsm так сделана картинка с отображением загрузки страниц. В IE это св-во не поддерживается полностью и картинка остается там, где она идет в теле документа, т.е. внизу страницы. В IE7 разработчики Microsoft пошли на встречу общественности и добавили это св-во.

Пример 2:
в тех же CSS есть селектор с именем hover, который определяет вид элемента на странице при наведение на него мышки(например при наведение на ссылку она меняет цвет). По стандарту селектор без явного указания типа тега применим к любому элементу на странице. Однако в IE до 7й версии он мог применяться только для тега А. Для всего остального данный селектор просто игнорировался(это можно увидеть при наведение на кнопки тут: http://hiasm.1gb.ru/console.html).

Пример 3:
IE ввиду никому непонятных соображений до 7й версии отказывался правильно отображать PNG картинки с прозрачностью. Вместо прозрачности у него чаще всего фон заливался черным цветом.

К сожалению в 7й версии поправлено было далеко не все.

JavaScript в IE по большей части имеет свою реализацию. Основное отличие внутренней структуры связано с активным использованием OCX(ActiveX), которые очевидно нигде и никогда кроме как на платформе Windows работать не будут и браузерами по этой причине поддержаны так же не будут(на всякий случай OCX - это исполняемый файл, который не может работать нигде, кроме платформы, под которую он компилировался. Скажем flash и java апплеты не являются исполняемыми файлами, а представляют из себя интерпретируемый байт код, работающий везде).

Кстате говоря тут г-н Tad, приводил статьи на сравнение уязвимостей браузеров, однако там почему не было написано, что больше половины вирусов попадают на компьютер через установку ActiveX элемента, представляющего из себя якобы супер быстрый кодек для потокового просмотра порнухи непосредственно в online...
------------ Дoбавленo:

Забыл про главную особенность работы JavaScript в IE упоменуть: почему-то в нем динамическое создание тегов через DOM структуру делается асинхронно, что иногда приводит практически к неуловимым ошибкам при добавление элемента и мгновенному обращению к нему.