Assasin, мне легче для этого скрипт написать, он будет не более ста строк кода и будет делать тоже самое и ещё репорты делать кроме всего прочего.
Далее, файлы можно считать одинаковыми если они имеют одинаковую хеш сумму, так что это тоже стоит предусмотреть наверно.