Но! Быстродействие этих методов для 100 Mb файла... Даже говорить не о чем. Нужен реалтайм перекодировщик из одного файла в другой. Упор, в данном случае, надо делать на побайтовое чтение-контроль-запись, учитывая специфику задачи.
------------ Дoбавленo в 11.38:
Как-то вот так надо делать перекодировку

-- Схема нерабочая на больших файлах. Удалена --