При реализации моего представления - связи скакать не будут. Будут удлиняться линии. Ровно на размеры контейнеров.

На видео редактор не дает представления об этом, зато дает представление о вложенности. Скачайте и запустите, перейдите в ноды и поэкспериментируйте. Увидите что удобство есть.
Подумал тут о другом: я не описал алгоритм как быть, если к примеру связи пришла строго сверху.
Когда справа или слева - понятно - просто удлинение. Когда сверху - вначале сдвиг на размер сжатого контейнера вправо, затем алгоритм описанный выже.
Тоже и по верху, только сдвиг вниз.
Еще сложность - за которую Вы сейчас все уцепитесь и будете ей меня тыкать - как быть с тем, если при раскрытом контейнере элемент помещается не внутрь, а в пустое освободившееся для раскрытия контейнера поле. Вот тут я пока в ауте. Буду думать.

Все равно вердикт есть уже. Думай, не думай, тема закрыта к реализации.