tomas, а еще папки в таких случаях структурируют. и не будет там тысячу файлов.

flud, И время открытия файла проводником и время доступа программой к файлу это две разные вещи. Так что во втором случае... да хоть миллионь в одной папке, на скорость это не влияет.. влияет на килобайты.
Сколько там иконка лишнии килобайты добавляет? 2 или 4? да хоть 5. 1000 файлов 5МБ.. оооочееень страшно.