Вот ссылка для Linux: http://minecraft.net/download/minecraft_server.jar
Запускать командой java -Xmx1024M -Xms1024M -jar minecraft_server.jar nogui
вот вики: http://minecrafting.ru/wiki/index.php/Как_поднять_SMP_сервер#.D0.9F.D0.BE.D0.B4_Linux.2FMacOS