Это нормально, среди "текстовых" программистов тоже не каждый понимает что такое мьютекс или критическая секция (особенно - с различиями в реализации на разных ОС).

Если актуально, может выделите в отдельную тему, попробуем помочь.
------------ Дoбавленo в 20.08:
Neo, обратите внимание, что у потока снизу есть сигнальный флаг, по которому можно отслеживать, работает ли он в данный момент. Ждать окончания его работы - один из способов избежать конфликтов.