Гы, гы. Вот мы и столкнулись с явным воплощением повышения приоритета программ над фоновыми приложениями. Когда программа уходит в трей, система делает ее фоновой и отдает ей меньше ресурсов, прерывая ее по каждому чиху активных программ. Это можно увидеть в WinRar-e, когда свернуть текущую архивацию в трей, скорость архивирования упадет в разы