miver, на пальцах
Индексные файлы используются движком теоретически для ускорения доступа к данным таблицы.
При создании колонки как PRIMARY KEY или UNIQUE для этих колонок автоматом создаются индексные файлы.
Командой CREATE INDEX можно создать индексный файл для любой колонки.

Не всегда происходит ускорение доступа - чаще замедление при операциях INSERT, DELETE, UPDARE и при создании индексного файла для текстовых колонок с очеь длинными строками.