Самомодифицирующееся приложение - потенциальный зловред, на него будут негативно реагировать проактивные защиты (и по делом). Всё это нормальные люди делают через ярлыки, конфигурацию и реестр, как правильно замечено. Одним файлом это нужно при имитации своим приложением других, для введения пользователя в заблуждение. Если так хочется свои иконки - таскайте объектные файлы своего приложения и линкуйте с ресурсами на клиентской стороне.