На данный момент, после нажатия на кнопку Обновить, в независимости от того, имеются ли обновления или нет, выполняются 3 команды:
cleanup Elements - Рекурсивно чистит рабочую копию, удаляя блокировки и выполняет незавершенные операции.
-q -R revert Elements - Рекурсивно откатывает все локальные изменения файлов.
-q -R resolved - Фиксация изменений.

Если даже такой набор, пропускает ошибки обновления, то я уже не знаю что с этим SVN'ом делать
------------ Дoбавленo в 16.15:

В следующих версиях, планирую добавить выбор ревизии, до которой можно будет обновиться или откатиться
------------ Дoбавленo в 16.33:

1nd1g0, сбор всех dll/db запускаете после обновления (хотя наверное глупый вопрос)?
Вопрос снимается т.к. не о том подумал.