Получится: нужно создавать новый архив, писать в него заменяемые файлы из файлов, незаменямые - из исходного архива. Положение файлов в исходном архиве я показал как получить. Осталось в новом архиве корректно сформировать заголовок, вычислив положения и размеры добавляемых файлов. В принципе, сравнительно не сложно, нужно только проработать логику.