Netspirit, я ее закоментил потому, что думал может в ней проблема. Добавил обычное копирование. Но результат тот-же.

Загрузка проходит успешно, файлы работают и доступны в винде сервера. Но по локалке эти файлы хоть и винды, но не читаются и не пишутся. Хотя рядом с ними можно свободно класть другие файлы и т. п. Файлы, которые я кладу на сервере - вручную, рядом с ними читаются. Проблема именно у загруженных через WEB файлов.
------------ Дoбавленo в 18.24:
На всякий случай, вот конфигурация php и nginx:
configs_834hbf8de.rar