Принято выкладывать хотя бы схемку пробования, если только на кофейной гуще погадать:
1. СОМ порт выдаёт СТРОКУ, а не числа, в числа надо преобразовывать.
2. Само название ..FFT говорит о том, что из предложенного массива выбирается максимальное число значений, кратное 2^N, из Ваших 3648 в расчёт пойдут 2048 первых значений.
3. "..вычислить распределение амплитуды по длине волны?" Постановка вопроса непонятна
------------ Дoбавленo в 22.21:
Вот небольшой примерчик работы с СОМ по 2 байта. (2-ой и 3-ий контакты на разъёме соеденить, а если есть два порта на компьютере, схему можно разбить на две части работающие самостоятельно) com_2_byte.rar