GreM, неплохо. Несколько замечаний:
- вместо Permission.PermName типа 4 можно было объявить его как тип 14 и тогда можно обойтись без кучи "case" в коде. Смотри Intent.StandardAction
- для генерации дополнительных *.java используешь fopen/fputs/fclose. По-моему, проще делать блок, выводить в него содержимое по println, а затем делать block.savecode(). В самом пакете это делается помещением готового *.java в папку code\include, и добавляется он с помощью функции IncludeClass.
- для добавления Activity в манифест можно воспользоваться функцией MFAddComponent вместо ручного old = block.select('MAN_APP_COMPONENTS') .... block.select(old)