А плюсов и минусов тут нет.
Всё дело вкуса.
Меня например раздражает, когда за exe тянется шлейф dll.
А бывает, что с архивом и нужные dll не удосужатся положить, вот начинается переписка, или рысканье по интернету.
...Да и вообще, меньше телодвижений.
Можно вообще упаковать dll минимум, как в 2 раза.