sashaoli, приложение работает с относительными путями, так что в качестве исходного каталога будет использовать тот, который был передан в lpCurrentDirectory при создании процесса.
Если HiAsm был запущен с несоответствующим реальному расположению пути, то с указанием этого пути скорее всего будет вызван и обновлятор...
Можно конечно использовать только реальное расположение приложения, но тут есть как плюсы так и минусы в такой реализации.
В принципе, сейчас в новой версии были добавлены настройки, можно туда добавить возможность указания абсолютного пути к рабочей копии (Elements).