А это на усмотрение автора программы. Он то уж знает - можно применить такой запрос или нет.
Насколько я понял, ему нужно проверить наличие колонки "nom_dog".
Мой алгоритм:
1. Скопировать файл БД. И дальше работать с копией.
2. Проверить наличие колонки "nom_dog".
3. Если нет, то создать временную таблицу:
CREATE TABLE IF NOT EXISTS new(kol1,nom_dog,kol2,kol3,....);
4. Запросом INSERT INTO new SELECT kol1,NULL,kol2,kol3,..... FROM physical_persons; заполнить таблицу new
5. Проверить new на перенос (хотя-бы по равенству count()) или более сложной.
6. Удалить таблицу physical_persons
7. Переименовать new в physical_persons

Poputchik, а зачем
эта конвертация ?