Вероятно, нужно полностью считывать все теги и их данные в виде того самого "дерева", только для каждого элемента высчитывать в процессе чтения и прописывать размер (как разницу смещения между текущим и следующим). Затем при записи вычислять и прописывать новые смещения для тега как "смещение предыдущего + размер предыдущего".