Естественно, под "работой с БД в UTF-8" имелось в виду занесение данных в UTF-8, а если данные уже внесены - нужно переконвертировать.

Вообще, создание своей COLLATION функции решит эту проблему, и как я понимаю, необходимо даже для UTF-8 в других случаях (например, сортировка по текстовым полям), поскольку в SQLite нет стандартной функции сортировки для UTF-8.