Давайте попробуем логическое мышление.

Создаем сложную схему.
Сохраняем.
Заменяем файлы из обновленного архива.
Открываем нашу сложную тестовую схему.
Охере*ем от обилия ошибок.

Теперь по порядку.
Сохраняя схему в которой используются всевозможные точки. Оно и понятно, схема сложная, задействованы почти все точки.
В схеме сохраняются имена точек и линки к ним. Вроде все верно.
Заменяем/обновляем файлы. То есть некоторые точки исчезают совсем, некоторые переименовываются/обновляются, новые точки появляются.
Открываем старую схему в которой, задействованы точки отсутствующие в обновленной версии элемента.


Что среде остается делать, как не предусмотрительно предупредить пользователя о несоответствии, тобишь ошибках.