мне тоже не нравиться такое разнообразие. К тому же не подконрольное разработчику схем. Но как выйти из ситуации? Не знаю пока есть ли возможность это реализовать - может сделать элемент среды типа HubEx, назвать его ProjectOption, а в нем пропертисы _prop_MT_ENABLED, _prop_SQLITE_INDLL, и так далее. Логика работы проста: если на схеме есть этот элемент то берем данные и генерим условия компиляции, если нет, то по умолчанию.
Не знаю как реализовать это самому. Скорее это вопрос к Dilma.