А вот тут муть и происходит. Включаем отдельный поток и, если, выводим в отдельное окно, то получаем ненужную перерисовку последнего. Тут надо включать буферизацию и по окончанию передавать буфер в окно. Ничего страшного тут нет -- только отдельный блок буферизации, можно на отдельном мультике. Должно работать. ИМХО.

А в чем проблема, собственно? Я так думаю, это не тот поток, а системный. А если системный еще включить, чтобы ждал окончания основного, то воообще не должно мешать. ИМХО.