Dilma, при обновлении может обновиться hiasm.db, в котором хранятся настройки среды, вы писали, что проблема решается экспортом настроек, когда это станет доступно, а если уже доступно(простите я не заметил) покажите как.

Я уже про это запарился писать, в свое время. И самый лучший вариант, был бы еще и такой, чтобы его можно было запускать по расширению (как файлы схем). Тогда, применяя тот же VHiUpdate, можно было бы импортировать настройки сразу же после обновления.
Да, и настройки меню и компиляторов импортировать надо бы не зыбыть из того же файла, это что бы -- все в одном.
Я уже сейчас так делаю одним файлом -- специально подготовленным дампом быза