Насколько я знаю, в заголовке exe файла есть флаги для сегментов, можно попробовать сделать кодовый сегмент read only. Если сама прога не имеет модифицирующегося кода, то должно сработать.
------------ Дoбавленo:

Другое дело, что прога грузит туеву хучу библиотек, их тоже таким макаром обрабатывать надо...
------------ Дoбавленo:

Если-же прога использует адреса подпрограмм в секции данных, то тут мало чего можно придумать, если только контролировать такие адреса на "правильность".