Nic, ну естественно. Команды транслируются на уровне менеджера внутренних окон среды(или открытых документов - как больше нравится). Если ставить искуственное ограничение по текущему активному окну, то невозможно будет сделать обработчики команд в фоновых схемах, которые активными никогда не являются(autorun.sha например). Тут можно сделать получение имени активного проекта и сравнивать его с текущим - если равны, то команда обрабатывается иначе игнорируется.