Андрей., такую настройку считал всегда бессмысленной. У программы либо есть, что выводить в трей, либо нет. Как правило во втором случае у автора возникает идея сделать такую опцию только потому, что ему больше добавлять нечего. В такой ситуации надо делать отдельный модуль TrayAgent какой-нибудь который и будет из трея управлять основным приложением.

Однако лучше всего, когда приложение сворачивается в TaskBar по Minimize и в Tray по Close. Поэтому опцию такую всеже имеет смысл добавить