Да, скорее всего, так и есть, в Винде сказывается работа в распределенном режиме, что снижает нагрузку на процессор (тк большую часть он простаивает), откуда и температура проца падает, ну а BIOS при падении температуры снижает скорость вентилятора, то же и с коэффициентом перемножения.
А с нотом, точно утилита корявая какая-то сидит, перехватывая BIOS.