приходилось сталкиваться с VirtualPC там создается свой виртуальный раздел на имеющейся файловой системе, неважно для линукса или другой оперативной системы, просто я не знаю может другие программы работают по другому принципу.
может этот ксен только программы виндячие способен запускать без всяких там наворотов, я ведь о нем в первый раз слышу