Смотрю я на схему, и думаю... мы перемудрили слегка.
Надо наверно сделать как в начале было, плюс занести в некий масив знаки (не так их и много будет), а затем перебором масива подставлять эти знаки в элемент замены символов и менять их на пробел, а уже потом избавлятся от лишних пробелов.
В принцыпе знаки не сильно мешают в запросе, т.к. в BOLEAN MODE - знаки не учитываются. Тут главное вычленить слова из запроса и обрезать их по алгоритму.