Программа перечисляет все запущенные процессы и проверяет MD5 сумму файла программы с данными указанными в твоей программе и при совпадении суммы - уничтожает процесс. Саму программу делаешь с возможностью обновления для того что бы добавлять сумму файлов новых программ. При старте самой программы проверяешь сумму твоих MD5 что бы не изменили и т.д.