Я догадываюсь, я залез на офф. сайт и прочитал, там даже где-то были готовые скритпы для перегонки. Кроме того есть расширения питона, с которыми py2exe не справляется, однако там есть рекомендации что изменить в коде. В большинстве случаев эти изменения прокатывают и всё перегоняется.