Assasin, "Primary Key must be uniqe" есть результат того, что батник не удаляет старый Elements.db перед созданием нового - см sql_to_db в моих пакетах (wxMsw, Python).

По программе: (пмсм) лучше реализовать несколько другой подход: пробегался бы по папке conf и искал бы элементы, которых нет в Elements.db.