В том, что каждый контрол требует своего обработчика событий, который, явно отнимает системное время, иногда, до нескольких десятков мсек, что не скажешь об одном контроле с одним обработчиком отрисовки. Помотри, как релизован иетод отрисовки флажков в MTS_DrawManager-e, отрисовка происходит только области, где происходит изменение, а не всей таблицы, со всеми флажками. И еще, таблица не предоставляет место под другие флажки, кроме 0-го столбца. А вообще, для таких целей рекумендуется разобрать полную отрисовку в MTS_DrawManager-e и сделать свою, по аналогии, если уж очень надо, но вот как организовать матрицу флажков с произвольным доступом, я не знаю, изначально, это не предусматривается в самом классе контрола