ну раз имеется VPS, то лезем в настройки apache и PHP и выключаем timeout, при истечении которого вырубается скрипт. Запускаем его в фоне и радуемся жизни. Если после этого на сервере не будут утекать ресурсы и не будут появляться зомбаки, которых никто не станет срубать из-за отсутствия timeout на выполнение скриптов, а так же cpu не будет грузиться постоянным прогоном цикла для проверки существования "stop.txt" и всего остального, то - считаем, что нам повезло.

В противном случае получаем наглядный ответ на вопрос, почему так никто не делает...