Если консольное приложение отрабатывается быстро, и ты в этом уверен, то поставь таймер.
Таймер - это вариант, но не совсем хорошая идея с точки зрения "идеального алгоритма".
Поэтому лучше после запуска приложения включить циклический поиск программы в процессах, и как только поиск не найдет приложения, продолжай свои действия.