По поводу второго варианта(упаковка в .ехе) может пусть fasm компилит dll-ку типа project1.dll (оптимизирует код он прекрасно да и сжимать не к чему т.к. код и так небольшой только то что надо) а из основного еxe к ней идут вызовы - появление одной .dll-ки к проекту думаю не критично.