файлы?
как это относится к делу?

где "тут"?
fsutil же работает..

в первый раз что-ли?
раскрой мне глаза..

мне что, ещё следить чтобы wmi был включён на машине?

несомненно - найдутся и наглые "быки", но, есть мнение - если чел пишет вирус, у него хорошо развита хитрость и палиться по пустяку он не станет, а вот ноль байт свободного пространства - ситуация для флешки очень редкая, а значит у нас есть шанс..
кстати хорошую мысль подал - можно прохэшировать первые N байт каждого exe-шника хранить эти паспорта рядышком..