Пардон, не совсем точно сформулировал вопрос. А точнее, совсем не точно.

В Entrypoint.hws я формирую некий setu-скрипт, который выполняет собственно компиляцию py в exe, и в этом скрипте (который кладётся рядом со сгенерированным project.py) вызывается upx - и надо знать полный путь к этому файлу.

Вроде нашёл решение: setup скрипт прочитает путь к HiAsm из реестра. Если есть более красивое решение - готов выслушать.