В элементе ConfigFile (а точнее - в классе ConfigParser, на котором основан элемент) обнаружено несколько проблем:
1) при записи файла меняется порядок следования секций
2) плохо работает с файлами, содержащими символы с кодами больше 127
3) не сохраняет регистр имён ключей [вроде понял, как победить]
4) имена ключей регистозависимы [вроде понял, как победить]

В связи с этим данный элемент не рекомендуется к использованию до устранения указанных проблем.