вообще-то я сам "регулирую" частоту и особенно моменты сохранения проекта и за всю историю (с 2004 года) было всего ~5 ситуаций, когда значительная часть кода была потеряна из-за системного сбоя и мне было трудно нарисовать кусок снова.

по теме: можно инициировать сохранение по порогу изменения колличества элементов и/ли по таймеру - через n минут и/ли просто хранить историю n изменений схемы прямо в файле проекта (чтобы открытый сегодня проект можно было откатить ... да хоть до позавчера по изменениям). но тут уже файл sha не будет отождествляться со схемой в явном виде - будет ещё и история, но может оно не страшно - копироваться то всё равно будет с рабочего поля среды, а не из файла. к слову, кто-то предлагал перейти на xml-структуру файла-проекта - как раз к стати, ну в крайнем случае ini-подобную (как сейчас, только добавить раздел изменений) ..