Да не может такого быть, при условии, что все переписаны туда куда надо -- *.pas в code, а *.ini в conf. Да, в папке проекта, ни в коем случае, не должно содержаться этих файлов, иначе, строка компилятора по-умолчанию читает, в первую очередь, файлы компонентов из папки проекта