Можно попробовать Restorator-ом удалить иконку из ресурсов. Будет ли работать сейчас проверить не могу, но знаю, что иконка нужна самой системе для отображения - она просто берет первую по порядку иконку из ресурсов (следовательно, наличие-отсутствие иконки не должно влиять на работоспособность). Если иконки нет - программа в Проводнике будет выглядеть как консольная.
Замечание: кроме иконки в ресурсах есть ещё много чего - смотри, чтобы не удалить лишнее.