Dilma, там физики нет - одна химия ;) Проблема в том, что у игры есть три разных состояния: добавление объектов так, чтобы не было коллизий; перемещение объектов (захват мышкой, до отпускания проверки на столкновения отключены); отпускание объекта - с проверкой коллизии и (если соответствует правилам) удаление объектов (плюс иногда удаление объекта определённого типа, находящегося где-то ещё в поле). Количество типов объектов - 170, для каждого свой набор правил взаимодействия с остальными.