Я за полную власть пользователя.
Помнится я предлагал сохранять workspaces и выбирать между ними, и помнится это было занесно в todo.
В подобной ситуации юзер просто выберет Default схему и вернётся к "заводским" установкам. А если догадается сохранить свои настрйки, то к ним. Всё через интерфейс программы. О существовании panels.ini и т.п. он даже не обязан знать.