думаю надо не БД "обезопасивать", а данные находящие в БД. Это для SQlite.
Для остальных там и так роли и пользователи и всякое шифрование можно прикрутить.
Кстати для SQliteAlexbootch, где то выкладывал информацию о шифровании БД, возможно даже в этой теме!