MAV, на графический должно влиять, даже по схеме видно. Не влияет (да и вообще в этом случае эквалайзер не работает) только если открыть плеер через интеграцию (т.е. файл открыть какой-нибуть плеером (двойным кликом по файлу), если бросить на ярлык или ехе то такой траблы нет), т.к. пути к настройкам прописаны укорочено pluginsxxx.eq а не например с:program fileslm playerpluginsxxx.eq

что касается глюка, то такого у себя не заметил, пробовал по разному сортировать, треки идут по порядку (по номеру в плейлисте)